Synopsis
Lorsque leur amie April O'Neill découvre qu'un scientifique, Baxter Stockmann, s'apprête à faire évader Shredder, Michelangelo, Raphaël, Donatello et Leonardo, décident d'intervenir. Mais Shredder parvient à fuir, grâce à l'intervention de deux co-détenus, Rocksteady et Bebop, et à un mystérieux appareil de téléportation. Brièvement envoyé dans une autre dimension, Shredder rencontre Kraang, chef de guerre extra-terrestre qui a prévu d'envahir la Terre. Krang offre à Shredder un échantillon de mutagène, en l'échange d'une mission : retrouver les composants du portail multidimensionnel essentiel à son plan. Témoin de l'évasion, un policier, Casey Jones, décide de mener l'enquête, tandis que Shredder recrute Rocksteady et Bebop, dont il fait ses hommes de main et qu'il change, grâce au mutagène, en créatures mutantes. April dérobe le mutagène et, en fuite, doit son salut à l'intervention de Casey. Mais le mutagène échoue entre les mains de la police... Avec l'aide de leur ami Vernon, April, Casey et les tortues braquent le QG de la police. April et Casey sont interpellés, mais les tortues fuient avec le précieux produit. Après que Rocksteady et Bebop ont localisé la dernière pièce du portail, Shredder l'actionne en plein coeur de New York ; aussitôt, Kraang assemble sa machine de guerre, le technodrome, et trahit Shredder, qu'il congèle. Ensemble, April, Casey - libérés grâce à l'intervention de Vern - et les tortues ferment le portail et viennent à bout de Kraang.
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